TY - JOUR ID - 145741 TI - بررسی کارایی نرم افزارهای متاژنومیک در شناسایی تنوع گونه‏ های میکروبی اندوفیت در گیاه سنجد JO - مطالعات علوم محیط زیست JA - JESS LA - fa SN - 2588-6851 AU - عزیزپور, نادیا AU - نعمت الهی, سویل AU - خاک ور, رضا AU - جمشیدی, منیژه AU - نوروزی بیرامی, محمد حسین AD - دانشگاه ازاد - واحد تبریز AD - دانشگاه آزاد اسلامی واحد تبریز AD - گروه گیاهپزشکی - دانشکده کشاورزی - دانشگاه تبریز AD - دانشگاه آزاد واحد تبریز AD - دانشگاه آزاد - واحد اسکو - استان آذربایجان شرقی Y1 - 2022 PY - 2022 VL - 7 IS - 2 SP - 4896 EP - 4903 KW - تنوع زیستی KW - متاژنومیک KW - NGS KW - Metaphylan2 DO - 10.22034/jess.2022.320903.1702 N2 - یکی از مهم‏ترین علل پایداری هر نوع اکوسیستمی، تنوع زیستی و گوناگونی طبیعی موجودات آن اکوسیستم می‏باشد. لذا شناخت تنوع گونه‏های داخل هر اکوسیستم به حفظ و نگهداری آن محیط کمک شایان می‏کند. از جمله ناشناخته‏ترین گونه‏ها در هر محیط اکوسیستمی، میکروارگانیسم‏های اندوفیت می‏باشند. این موجودات چون در داخل یک موجود زنده‏ی دیگر قرار دارند لذا از دید زیست شناسان معمولاً مغفول می‏مانند مگر آنکه بیماری یا عارضه خاصی در میزبان خود ایجاد کنند. از طرفی چون اکثر این میکروارگانیسم‏ها غیر قابل کشت هستند، لذا شناسایی آن‏ها از طریق روش‏های معمول غیر ممکن می‏باشد. با توسعه نسل جدید توالی‏یابی (Next Generation Sequence; NGS) این امکان فراهم شده تا با یکبار استخراج دی‏اِن‏اِی کل (Total DNA) از میزبان و توالی‏یابی همه‏ی محتوای ژنومی آن، بتوان بغیر از میزبان به توالی گونه‏های همراه یا اندوفیت آن نیز پی برد. برای بررسی کارایی این نوع توالی‏یابی در شناخت تنوع گونه‏ای بعنوان نمونه، دی‏اِن‏اِی کل درختان سنجد منطقه شهرستان تبریز استخراج و مورد توالی‏یابی NGS قرار گرفت. از نرم افزارهای CLC workbench، Metaphylan2 و Kraken برای آنالیز داده‏ها و بدست آورده ژنوم گونه‏های مختلف داخل درخت استفاده گردید. بر اساس نتایج بدست آمده، نرم‏افزار متافیلان نسبت به کراکن از کارایی بیشتری برخورد بود و گروه‏های ژنومی بیشتری را از هم تفکیک کرد. براساس نتایج متافیلان، بیش از چندین گونه از شاخه‏های مختلف باکتری، قارچ و ویروس در داخل نمونه‏ها یافت شد که باکتری‏های بیمارگر گیاهی از گروه شبه مایکوپلاسماها (Tenerictes) به طور قابل توجه‏ای غالب بودند. همچنین بطور غیر معمول ژنوم گونه‏های از پروتوزواهای بیمارگر پرندگان (Eimeria tenella) و مخمر بیمارگر گیاهی (Eremothecium sp.) در داخل نمونه‏ها یافت شد. UR - https://www.jess.ir/article_145741.html L1 - https://www.jess.ir/article_145741_206754051876d8d9b2f4a0883745be61.pdf ER -